Chapitre 11 Trucs et astuces RStudio

Ce manuel propose, tout au long des chapitres, une série de courtes fiches intitulées Trucs BrulR, conçues pour :

  • vous faire gagner du temps au quotidien dans RStudio,
  • renforcer votre efficacité dans la navigation et l’organisation du code,
  • vous aider à adopter les bonnes pratiques recommandées au sein de l’équipe.

Chaque Truc BrulR met en lumière une fonctionnalité simple, mais souvent sous-utilisée, qui peut considérablement améliorer votre confort de travail.

Les encadrés sont facilement repérables et peuvent être lus de manière autonome.

Objectif : coder plus vite, plus proprement, et avec moins de frustration.

11.0.1 Chercher un terme dans tous les fichiers avec Ctrl + Shift + F

Lorsque le code est réparti dans plusieurs fichiers, il peut être difficile de retrouver où une fonction est définie, où un objet est modifié ou utilisé, ou encore d’identifier les scripts qui contiennent un mot-clé précis.

RStudio offre un raccourci pratique pour ce type de recherche : Ctrl + Shift + F (ou Cmd + Shift + F sur Mac). Ce raccourci permet d’effectuer une recherche dans l’ensemble des fichiers du projet en cours.

11.0.1.1 Utilisations courantes :

  • Retrouver rapidement la définition d’une fonction (fit_modele)
  • Vérifier où une variable est utilisée (df_resultats)
  • Localiser des commentaires à traiter (# TODO, # à vérifier)

11.0.1.2 Options disponibles :

  • Filtrer par type de fichier (par exemple, .R, .Rmd, .qmd)
  • Restreindre la recherche à un sous-dossier spécifique
  • Utiliser des expressions régulières pour des recherches avancées

Ce raccourci s’avère particulièrement utile dans les projets modulaires ou collaboratifs. Il permet de naviguer efficacement dans une base de code en pleine croissance.

11.0.2 Exécuter une ligne ou une sélection avec Ctrl + Enter

Pour exécuter rapidement une ligne de code ou une portion sélectionnée dans l’éditeur de RStudio, utilisez Ctrl + Enter (ou Cmd + Enter sur Mac).

Cela permet d’envoyer le code à la console sans avoir à passer par le bouton “Run”.

11.0.2.1 Bonnes pratiques :

  • Utilisez ce raccourci au fil de l’écriture pour valider votre code progressivement.
  • Si une portion de code est sélectionnée, seule cette sélection sera envoyée.

Ce réflexe évite des interruptions constantes et favorise une écriture fluide du code.

11.0.3 Reformater un script avec Ctrl + Shift + A

Pour améliorer la lisibilité de votre code, RStudio permet de le reformater automatiquement avec Ctrl + Shift + A (ou Cmd + Shift + A sur Mac).

Cette commande : - Réindente le code de manière cohérente - Ajoute ou enlève les espaces nécessaires autour des opérateurs - Uniformise la présentation

11.0.3.1 Exemple :

filter(data,  var1==2&var2>10 )

devient :

filter(data, var1 == 2 & var2 > 10)

Un outil essentiel pour rendre le code plus lisible, surtout avant de le partager ou de le versionner.

11.0.4 Travailler dans un environnement propre avec un fichier .Rproj

Créer un projet RStudio permet d’isoler un environnement de travail, de garder un répertoire propre et de bénéficier de fonctionnalités comme : - le chemin relatif (ex: file.path()) - la restauration de l’état de l’environnement

Pour créer un projet : 1. Aller dans File > New Project 2. Choisir un répertoire existant ou en créer un nouveau 3. Un fichier .Rproj est créé à la racine

Travailler avec des projets .Rproj est une bonne pratique essentielle pour maintenir des workflows reproductibles et structurés.

11.0.5 Utiliser des expressions régulières dans Ctrl + Shift + F

La recherche globale dans RStudio permet d’activer le mode “expression régulière” (regex), ce qui offre une puissance de recherche bien supérieure.

Exemples : - Trouver tous les noms d’objets commençant par df_ : \\bdf_\\w+ - Repérer tous les appels à une fonction filter : filter\\(

✅ Cochez l’option Regex dans la barre de recherche pour activer ce mode.
📚 Référez-vous à une documentation de base sur les regex si vous débutez.

Très utile pour parcourir rapidement un projet complexe ou standardiser des noms.

11.0.6 Utiliser source("chemin/vers/fichier.R") pour organiser l’exécution

Lorsque vous segmentez un projet en plusieurs fichiers .R, vous pouvez exécuter un script complet à l’aide de la fonction source().

Cela permet de : - Charger des fonctions définies ailleurs - Reproduire une analyse complète en une ligne - Structurer votre projet de façon modulaire

11.0.6.1 Exemple :

source("R/prepare_donnees.R")

Pensez à utiliser des chemins relatifs (ex: file.path()) pour rester compatible avec la structure du projet.

11.0.7 Centraliser les chargements dans un fichier init.R

Dans un projet un peu complexe, il peut être utile de créer un fichier init.R ou startup.R contenant : - le chargement des packages (library()) - les chemins de base - les options globales - le sourcing des fonctions

Cela permet de lancer un environnement de travail cohérent dès le début de chaque session.

11.0.7.1 Exemple :

library(tidyverse)
library(here)
source(here("R", "fonctions_utiles.R"))
options(dplyr.summarise.inform = FALSE)

En début de script, il suffira ensuite de faire :

source("init.R")